Après le clash avec Pierre Ménès, Joey Barton a récidivé sur Twitter en parlant de Thiago Silva et en le considérant notamment comme un transsexuel. Elie Baup a évoqué cette polémique en conférence de presse : « L'important c’est la communication du club. La communication individuelle des joueurs ne me regarde pas. Barton reste un joueur important qui n'a jamais dégoupillé dans le cadre de l'Olympique de Marseille ».
Baup : « Barton n’a jamais dégoupillé dans le cadre de l’OM »